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[조세금융신문] 9월 관세청 과세자료 제출 본격 개편… 다국적 기업•관세사 업계 ‘혼란’
2025.09.06.
■ 관세청, ‘납세자 부담 완화’와 ‘효율적 세정’ 두 마리 토끼 잡아
2025년 9월부터 시행된 ‘과세가격 신고자료 일괄제출제도’는 관세청이 과세 투명성과 행정 효율성을 제고하기 위해 도입한 제도입니다. 기존 수입신고 방식에서 벗어나 수입 단계에서 8대 항목의 과세자료를 제출하도록 의무화하였습니다. 

관세청은 이를 통해 납세자의 고액 추징 리스크를 사전에 방지하고, 동일 조건의 반복 수입 시 최초 1회만 자료 제출이 가능하도록 하여 기업의 행정부담을 완화하고자 하였습니다. 또한, ‘과세자료 미제출 사유서’를 혼합형 양식으로 개편하고, 전자 시스템(UNI-PASS)을 통해 직접 제출할 수 있도록 개선을 추진 중이며 기업의 영업비밀 보호를 위해 관세사와 공유 없이 직접 제출할 수 있는 경로도 마련할 예정입니다.
 
■ 다국적기업, ‘비상’...오히려 ‘자충수’ 우려도
법무법인(유) 린은 특히 다국적기업들이 이번 제도에 있어 가장 큰 리스크에 노출되어 있다고 판단하였습니다. 본사-지사 간 이전가격, 로열티 등 복잡한 거래 구조로 인해 기존에는 조사 개시 시점에 자료를 제출했지만, 이제는 수입신고일로부터 30일 이내 제출이 의무화되었기 때문입니다.

법무법인(유) 린 김용태 전문위원은 “자료 제출이 오히려 과세 리스크로 연결될 수 있는 우려가 크다”며, 관세청이 기업에 소명 기회를 충분히 제공하고, 과세 전 통지 절차를 강화하는 등 절차적 장치를 마련해야 한다고 강조하였습니다. 아울러 글로벌 본사의 협조가 필요한 자료 제출이 기한 내 이뤄지기 어려운 현실적 문제도 언급하였습니다.

김용태 전문위원은 “정당한 과세권 확보를 위한 관세청의 목적에는 공감하지만, 현실적 이행을 위해 보다 유연한 제도 운영이 필요하다”고 덧붙였습니다.
 
■ 관세사 업계 딜레마, ‘과세’와 ‘통관’ 사이의 격차
법무법인(유) 린은 이번 제도 개편이 관세사 업계 전반에도 구조적인 부담을 가중시키고 있다고 분석하였습니다. 대형 관세법인은 이를 새로운 사업 기회로 삼고 전문 컨설팅 시장 확대를 꾀하고 있으나, 대부분의 중소 관세사무소는 기존 통관 업무 외에도 추가 과세자료 제출 업무를 부담하게 되었음에도 불구하고, 정당한 수수료를 받지 못하는 구조적 문제에 직면해 있습니다.

이로 인해 영세 관세사들은 수익 증대 없이 책임만 증가하는 이중고를 겪고 있습니다. 또한, 기업들은 통관과 과세가 모두 관세사의 기본 업무라고 인식하여 추가 컨설팅 비용 지불을 꺼리는 경향도 강하게 나타나고 있습니다.

법무법인(유) 린은 이와 같은 구조적인 문제를 해결하기 위해 관세청이 기업 규모에 따른 제출 가이드라인 제공, 전문가 조력 비용에 대한 인센티브 제도 마련 등의 정책적 지원을 검토해야 한다고 제안합니다.
 
■ “관세청, 유연한 운영과 가이드라인 필요”
법무법인(유) 린은 제도 취지에는 공감하나, 현실에 부합하는 유연한 제도 운영이 필요하다는 점을 강조합니다.

법무법인(유) 린 김용태 전문위원은 기업이 제출한 자료가 추후 과세 근거로 활용될 수 있다는 점에서, 충분한 사전 검토 기회 및 절차적 안정성 확보가 중요하다고 분석하였습니다. 특히 다국적기업의 경우, 자료 제출 자체가 민감한 글로벌 전략 정보와 연결되어 있기 때문에, 과세청의 해석이나 판단에 따라 오히려 리스크가 증가할 수 있다는 점을 우려하고 있습니다.

또한, 영세 관세사들의 부담을 줄이기 위한 실질적 대책이 마련되어야 하며, 컨설팅 비용의 시장 현실 반영, 성실 납세 기업에 대한 인센티브, 제출 기한의 유연한 연장 허용 등이 제도의 성공적 안착을 위한 핵심 요소로 제시되었습니다.

법무법인(유) 린은 이번 제도가 과세당국의 효율성을 높이는 중요한 계기가 될 수 있다고 평가합니다. 그러나 그 성공은 기업의 자발적인 참여, 관세청의 유연한 행정 운영, 그리고 전문가의 사전 검토와 조력이 조화롭게 어우러질 수 있는 시스템 마련에 달려 있다고 판단합니다.
 
 
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조세금융신문
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